В соответствии с утверждённым Положением основными задачами деятельности МКУР являются:

– разработка предложений по определению основных направлений развития бассейна Аральского моря и обеспечение необходимого уровня социально-экономического благополучия в регионе;
– внедрение нетрадиционных наукоемких, высокотехнологических, экологически безвредных и неводоемких производств, по ускорению реорганизации отраслевой структуры хозяйственного комплекса, обеспечению его интенсивными, экологически чистыми и водосберегающими технологиями;
– выработка и осуществление мероприятий по ликвидации отрицательного влияния ухудшения природной среды Приаралья, улучшению санитарно-гигиенической и медико-биологической обстановки;
– содействие проведению научных исследований, проектных и других видов разработок, направленных на экологическое оздоровление бассейна Аральского моря и Приаралья;
– принятие скоординированных решений, затрагивающих глубинные социально-экономические процессы государств Центральной Азии, способствующих устойчивому развитию региона.

Деятельность по региональным проектам и программам в области ООС и устойчивого развития, в том числе странами-донорами и международными организациями (уже работающими в регионе) управляется и/или координируется МКУР, включая рассмотрение, утверждение/одобрение планов работ и бюджетов. Все проекты регионального характера должны рассматриваться на МКУР и утверждаться/одобряться им. По этим проектам на рассмотрение МКУР представляется Стратегия и План работ для их интеграции в общую Региональную Программу действий. Для обеспечения (информационной поддержки) региональной координации проектов создается и поддерживается база данных по текущим и планируемым проектам стран ЦА и доноров.

На период между заседаниями МКУР деятельностью по выполнению утвержденных планов руководит Председатель МКУР. 

Секретариат МКУР

В соответствии с утверждённым положением Секретариат осуществляет практические действия по организации заседаний МКУР и обеспечивает работу Председателя МКУР.

Для осуществления задач МКУР Секретариат:

– посылает приглашения на встречи;
– готовит и распространяет предварительную Повестку заседаний;
– делает все необходимые приготовления, в том числе секретарские услуги для встреч Консультативного совета;
– готовит отчёты встреч;
– выполняет другие функции и задания Председателя МКУР.

Консультативный совет 

При МКУР может быть создан совещательный орган – Консультативный совет. Консультативный совет оказывает поддержку МКУР путём консультаций и поиска дополнительных финансовых средств, установления связей с общественностью   и представления рекомендаций по подходам к решению региональных проблем в области ООС и устойчивого развития.

В состав Консультативного совета могут входить представители международных организаций и стран-доноров. В Консультативный совет могут входить также представители местных органов, частного сектора и деловых кругов.

По предложениям МКУР при Консультативном Совете могут создаваться Экспертные комиссии из числа членов Консультативного совета с привлечением других экспертов.

НИЦ МКУР

В соответствии с утверждённым Положением и программой работ НИЦ МКУР осуществляет информационное, программное, методическое и консультационное обеспечение задач МКУР. На НИЦ МКУР возлагаются:

– сбор, обработка и систематизация информации об экологическом, социально-экономическом состоянии бассейна Аральского моря;
– создание единой информационной базы и банка данных в целях рационального природопользования в бассейне Аральского моря;
– выработка рекомендаций по социально-экономическому развитию, научно-техническому и экологическому сотрудничеству стран Центральной Азии в решении проблем бассейна Аральского моря;
– разработка концепции и программы создания единой системы мониторинга природной среды бассейна Аральского моря;
– разработка единых методик по эколого-экономической оценке использования природных ресурсов;
– разработка основных принципов и критериев для принятия государствами Центральной Азии законодательных актов по вопросам стабилизации и улучшения состояния природной среды и социальной защиты населения.

Руководящий комитет должностных лиц (РКДЛ)

Создан решением МКУР для подготовки и реализации РПДООС, состоит из 5 представителей – ответственных должностных лиц (ОДЛ), по одному от каждого государства по предложению правительств. В работе заседаний РКДЛ могут принимать участие с правом совещательного голоса представители международных организаций и гражданского общества (2000 г.).

Основными задачами РКДЛ является координация, развитие и организация процесса подготовки и реализации РПДООС, взаимодействие с другими региональными программами и проектам в области охраны окружающей среды, содействие обмену и распространению информации, а также вовлечение общественности в процесс принятия решений по подготовке и внедрению РПДООС.